Na přírodovědecké fakultě je zavedeno tzv. strukturované studium. Student je tedy nejprve přijat na bakalářský obor, po jehož absolutoriu může pokračovat v přímo nebo nepřímo navazujících magisterských studijních programech. V případě, že jednotlivé obory navazují nepřímo, je součástí přijímacího řízení do navazujícího Mgr. oboru přijímací zkouška (nejčastěji písemný test, jehož obsah stanovuje garant navazujícího oboru). Katedra fyzikální chemie garantuje následující studijní obory:

Obor aplikovaná chemie je určen studentům, kteří mají zájem získat základy vysokoškolských znalostí chemie a prohloubit svoje znalosti angličtiny a výpočetní techniky. Výuka chemie je zaměřena převážně na její moderní aplikace v laboratorní a technické praxi. Tento obor není přímo prostupný a je koncipován jako profesní Bc. obor, po jehož absolvování mohou absolventi odejít do praxe. Po absolvování oboru aplikovaná chemie však studenti mohou pokračovat v navazujícím magisterském studiu, avšak o podmínkách přijetí k navazujícímu magisterskému studiu se musí informovat na studijním oddělení či u garanta oboru. Obor nanomateriálová chemie je určen studentům, kteří mají zájem o chemii nanomateriálů, které vybaví nejen nezbytnými teoretickými znalostmi, ale i praktickými dovednostmi pro studium, přípravu a funkcionalizaci moderních nanostrukturovaných materiálů. Tento obor má přímou prostupnost (bez nutnosti konat přijímací zkoušku) na navazující Mgr. obory materiálová chemie a fyzikální chemie. Do navazujících magisterských studijních oborů fyzikální chemie a materiálová chemie, které garantuje Katedra fyzikální chemie, je přímá prostupnost také z oborů chemie, biochemie, bioorganická chemie a bioanorganická chemie.