Bioinformatika a výpočetní biologie (BIN)

Karel Berka

Obsah přednášky

Portal UP bioinformatika

Bioinformatika je obor, který používá IT metod ke shromažďování, analýzu a vizualizaci rozsáhlých souborů biologických dat, které by jinak byly naprosto nezvládnutelné. V posledních 10 letech se totiž řádově zvětšuje objem dat uchovávaných v databázích, např. kvůli projektu lidského genomu HUGO a následujícím sekvenačním projektům (ENCODE, Million Genomes a jiné). Bioinformatika tedy pomáhá v pochopení takových jevů, jakými jsou vztah mezi geny a jejich regulací a funkcí, modelování reakčních a rozpoznávacích mechanismů, studium sekvencí a podobně a vytahováním biologických dat z databází.

V přednášce budou vysvětleny základní algoritmy a databáze bioinformatiky. V průběhu cvičení si studenti prakticky vyzkoušejí bioinformatické nástroje na Internetu tak, aby byli schopni provádět základní bioinformatickou analýzu zvoleného problému.

Učební materiály

Prezentace

Cvičení

Další zdroje

Whole Cell Simulation - Paper Film Harvardské univerzity - The Inner life of cell (EN)